Erzbischof Jachym weiht die "Wohnhauskirche" in der Margaretenstraße 141. Hubert Batka übernimmt die Leitung und führt die Gemeinde über viele Jahre unermüdlich und partnerschaftlich mit vielen Freunden, die er aus seiner Pfarre Simmering mitbringt und vielen neuen Gemeindemitgliedern, die im Einzugsgebiet des Rektorates wohnen. Der Ruf der Gemeinde, eine sehr "aktive" Gemeinschaft zu sein, lockt viele Menschen auch aus weiterer Umgebung nach St. Johannes, um an dem regen "Leben" teilzunehmen, dass sich bis hin zu gemeinsamer Freizeitgestaltung und Familienaktivitäten ausbreitet.
Hubert Batka verstand es, viele Menschen mit ihren Aktivitäten und Talenten in einer "kleinen, geistigen und sozialen Heimat" in der Großstadt Wien zusammenzubringen und zusammenzuhalten. Gemeindefeierteam, Chor, Live Rhythmusmusik, Heimstunden für Jugendliche, Bibelrunden und viele andere Veranstaltungen wurden in der kleinen Kellerkirche und im dazu gemieteten Heim in der Margaretenstraße 129 in diesen Jahren durchgeführt. Kulturfahrten und Familiencamps führten viele Menschen und Familen in die südlichen Regionen Europas. Ganz offensichtlich zählte Italien zu Huberts Lieblingsgegenden.
Am 3. Mai verstarb Hubert Batka völlig unerwartet. Die Gemeinde wird durch Aushilfspriester insbesondere Prof. Waltenberger, Prof. Edi Schachinger, Prof. Zach, Pater Kühn, Prof. Holzer, Eduard Wysoudil und das Engagement von Gerhard Ruprecht und Gerhard Runser weitergeführt Die vielen guten Gespräche und Kontakte zur Diözese Wien führen schließlich doch zu einer Nachfolgelösung.
G. R. Bruno Layr übernimmt mit 1. Jänner die Leitung der Gemeinde und Gerhard Runser wird als Rektoratsassistent an seine Seite gestellt.
Am 1. September 2008 geht G.R. Bruno Layr in Pension und am 7. September feiert Christian Diebl, den die Gemeinde bereits von Aushilfen bei Sonntagsmessen kennt, als neuer Rektor der Gemeinde St. Johannes die erste Messe des neuen Arbeitsjahres im Rahmen einer Liverhythmusmesse.
Am 9.11. feiert die Gemeinde mit Rektor Diebl die Amtseinführung. Gerhard Ruprecht wünscht ihm und uns, dass er sich hier in Margareten "zu Hause" fühle.
Und sie bewegt sich doch... die Gemeinde St. Johannes!
Christian Diebl bringt neuen Schwung in die Gemeinde. Aktivitäten werden gesetzt. Es formiert sich ein neuer, alter Kinder- und Jugendchor. Die LiveRhythmusgruppe gestaltet das musikalische Geschehen mit. Langsam baut sich ein Team rund um Christian auf. Das Kirchweihfest im Herbst, MitarbeiterInnenausflug nach Weyer, Kulturfahrt und andere interessante Veranstaltungen umrahmen das liturgische Geschehen in St. Johannes. Ausgezeichnete Predigten zeichnen die Messgestaltung aus. Neue Ideen gehen Hand in Hand mit Altbewährtem.
